Theo các tác giả bộ sách “Hợp biên thế phả họ Mạc’’ (Nhà Xuất bản Văn hóa Dân tộc, 2001) cho biết: Từ cuối thế kỷ XVI (tức sau khi triều Mạc bị mất, vua cuối cùng Nhà Mạc tại kinh đô Thăng Long là Mạc Mậu Hợp bị Trịnh Tùng giết chết vào năm 1592) đến nửa cuối thế kỷ XVII (năm 1677), họ Mạc cát cứ ở Cao Bằng cũng bị nhà Lê-Trịnh đánh dẹp, triệt hạ. Do điều kiện chính trị, xã hội thời đó, họ Mạc phải di chuyển nhiều nơi, và thay tên đổi họ thành nhiều họ khác. Theo thống kê của Ban Liên lạc họ Mạc Hà Nội, vào năm 1999, thì con cháu họ Mạc ngày nay có 37 họ với 368 chi ở 25 tỉnh, thành phố. Ngoài ra còn nhiều con cháu họ Mạc hiện nay đang sinh sống ở nước ngoài như: Pháp, Mỹ, Canada, Trung Quốc… Từ một họ đổi ra 37 họ (có thể thống kê chưa đầy đủ), nhưng vẫn có những mật mã, những thông điệp như giữ bộ “Thảo đầu” (…….) của tên họ như: Phạm, Hoàng, Phan, Tô, Lều…, nếu theo họ mẹ, họ bố nuôi thì giữ tên đệm: Lê Đăng, Đào Đăng, Nguyễn Đăng, Phan Đăng…, về sau có thể đổi là Phúc, là Đình để khỏi bị truy tích…, ngoại trừ theo tên đất như họ Thái v.v… để hậu duệ biết mà tìm nhau, hỗ trợ nhau, phát huy truyền thống của tổ tiên.

Mạc Thái Tổ cũng là tổ tiên bên họ ngoại của các đời chúa Nguyễn kể từ Nguyễn Phúc Lan trở đi (bao gồm cả Nguyễn Ánh) thông qua quan hệ hôn phối giữa Nguyễn Phúc Nguyên (con trai của Chúa Tiên Nguyễn Hoàng) và Mạc Thị Giai (con gái của Khiêm vương Mạc Kính Điển và đồng thời là cháu gái của Mạc Thái Tông).